De ziekte van Hashimoto is een auto-immuunziekte. Een auto-immuunziekte houdt in dat het immuunsysteem reageert op lichaamseigen stoffen. Het is letterlijk een foutje van het lichaam bij het opruimen van celresten. Hierdoor kunnen ook gezonde weefsels aangetast worden. Dit heeft een negatieve invloed op de schildklier waardoor deze trager gaat werken. Verder is er nog weinig bekend over de ziekte van Hashimoto.
Jodium en selenium zijn belangrijke voedingsstoffen voor een goede werking van de schildklier.