Bacteriën leven op diverse plekken in het lichaam zoals de maag, dunne darm en in de dikke darm. Het grootste gedeelte van de bacteriën bevindt zich in dikke darm en helpt bij de spijsvertering.
In de dikke darm leven zowel goede als schadelijke darmbacteriën. Dit wordt de darmflora (microbioom) genoemd. Deze darmbacteriën spelen een rol bij de vertering van voedsel. Ze breken vezels en onverteerbare voedselresten af.
Verder houden darmbacteriën de darmwand gezond en zorgen dat schadelijke stoffen, waardoor infecties kunnen optreden, niet door de darmwand kunnen dringen.