Het is nog niet wetenschappelijk bewezen dat biologische voeding gezonder is dan niet biologische voeding. Sommige biologische producten kunnen wel minder nitraat en meer vitamine C, mineralen en bio-actieve stoffen bevatten.
De samenstelling van bijvoorbeeld biologische melk kan anders zijn, omdat biologische melk meer onverzadigde vetzuren kan bevatten. Het is echter niet mogelijk om de verschillen in voedingsstoffen aan te kunnen geven, omdat die van veel omgevingsfactoren afhankelijk zijn.
Biologische voeding kan wel minder reststoffen van bestrijdingsmiddelen bevatten. Biologische voeding laat een minder grote voetafdruk in het milieu achter. Zo wordt er op gelet dat er mestoverschotten worden voorkomen en krijgen dieren meer ruimte en tijd om te groeien dan in de gangbare veeteelt. Biologische voeding is dus niet gezonder qua voedingstoffen, maar wel qua omgevingsfactoren.