Voedingsmiddelen in de magnetron opwarmen hoeft niet altijd slechter te zijn dan in een pan. Dit verschilt een beetje per voedingsmiddel. Zo kan je de magnetron bijvoorbeeld gebruiken om voedsel te stomen. Denk hierbij aan groente of vlees en vis. Doordat er minder gebruik wordt gemaakt van water, verlies je hierdoor ook minder vitamines.
Een nadeel van voedsel opwarmen in de magnetron is dat de warmte soms ongelijk verdeeld wordt. Voor grote maaltijden is dit dus wat minder gunstig. Hiervoor is het dus handiger om het in een pan te verwarmen zodat de warmte beter wordt verdeelt en het eten op een goede temperatuur is.