Antibiotica zijn medicijnen die bacteriële infecties kunnen genezen, doordat ze de groei van bacteriën remmen of de bacteriën zelfs doden. Ze worden voorgeschreven bij infecties als long- en blaasontsteking.
Een gezonde darmflora bestaat uit biljoen verschillende bacteriesoorten. Hoewel er verschillende soorten antibiotica zijn vernietigen deze niet één specifieke bacteriesoort in het lichaam.
Voordat het antibioticum is opgenomen in de bloedbaan en in een bepaald weefsel terecht komt, heeft het eerst de darm moeten passeren. Daar doodt het ook de nuttige bacteriesoorten, waardoor de bacteriële diversiteit in de darm afneemt. Voorbeelden daarvan zijn de bifidobacteriën en lactobacillen. Het vermogen van de darm om koolhydraten te verteren of bijvoorbeeld vitamine H (biotine) te produceren kan daardoor veranderen. Ook kan er een verstoring van galzouten optreden wat kan leiden tot de veelvoorkomende bijwerking diarree.
Er wordt steeds meer onderzoek gedaan naar het effect van probiotica op het behoud en herstel van de darmflora bij antibioticagebruik.